Pod koniec sierpnia 1942 r. Niemcy zdecydowali, że getto stanie się tylko i wyłącznie obozem pracy. Zarządzono więc deportację do obozu zagłady w Chełmnie nad Nerem wszystkich dzieci poniżej dziesiątego roku życia, dorosłych powyżej sześćdziesiątego piątego roku, chorych i bezrobotnych. Pierwszymi ofiarami stali się pacjenci szpitali. Po brutalnej akcji gestapo i żydowskiej Służby Porządkowej do Chełmna wywieziono 1253 osoby. Od 5 do 12 września w getcie obowiązywała „szpera”, czyli całkowity zakaz opuszczania domów. Ułatwiało to zadanie służbom. Przeszukiwano domy i przeznaczano do deportacji osoby nienadające się do pracy. Całą akcję poprzedziło porażające przemówienie Ch. M. Rumkowskiego: „Żądają od nas, abyśmy zrezygnowali z tego, co mamy najlepszego – naszych dzieci i starszych. (…) nigdy nie wyobrażałem sobie, że będę musiał uczynić tę ofiarę na ołtarzu własnymi dłońmi. W moim wieku muszę rozłożyć ręce i błagać: Bracia i siostry! Oddajcie mi je! Ojcowie i matki – dajcie mi swoje dzieci!”. Rumkowski zdecydował, że rozkaz Niemców zostanie wykonany żydowskimi rękami. 7 września do akcji ponownie włączyło się gestapo i niemiecka policja. Nie ma słów, by opisać dramat niezliczonej ilości rodzin, które straciły swoich najbliższych. W wyniku szpery w Chełmnie nad Nerem życie straciło ponad 15,5 tys. Żydów.