Po připojení Rakouska k nacistickému Německu úřady vypověděly židovské obyvatelstvo z příhraničního Burgenlandu. Část z nich uvízla na území nikoho mezi Československem, Maďarskem a Rakouskem, žádná ze zemí je nechtěla vpustit na své území. Schmolková se zapojila do jejich záchrany, osobně navštívila loď na Dunaji, kde se zoufalí lidé nacházeli. Podobně pomáhala, když Německo vypovědělo téměř dvacet tisíc židů polského původu do Polska, které je ale nebylo ochotno přijmout. Nejtěžší situace ji ale čekala doma.
Po obsazení pohraničí na podzim 1938 se situace uprchlíků v Československu změnila v naprostou katastrofu. Marie Schmolková navštěvovala místa, kde byli uprchlíci shromažďováni, sbírala fakta využitelná k mobilizaci veřejného mínění v možných zemích imigrace, psala výzvy diplomatům těchto zemí působícím v Praze i židovským organizacím v zahraničí. Pokud nebyla k nalezení v kanceláři uprchlického výboru v Jáchymově ulici, pracovala odsud z domova.
Spisovatel a kritik Max Brod vzpomíná, jak nesčetněkrát na návštěvě u Schmolkové v Kamzíkové ulici orodoval za uprchlíky v nouzi, otřesné případy, které potřebovaly okamžitou pomoc. “Pokaždé, když jsem vytáčel její telefonní číslo, cítil jsem, že pomoc je již nablízku. Jenže jí volal každý, a tak devět z deseti telefonátů bylo bez spojení. Buď nebyla doma, nebo bylo obsazeno.”
Reportérka Milena Jesenská poznala Marii Schmolkovou až za mnichovské krize. “Bydlí na Starém Městě v malé uličce, kterou jsem já, rodilá Pražačka, neznala, v malém, křivém domečku s dřevěnými schody. Když však vejdete do bytu, najdete podivuhodně ladný a kulturní byt, krásné knihy, Štursovy sochy, krásný, temný nábytek a telefon, který nepřestává zvonit.”