Als am 9. November 1938 (“Kristallnacht”) in ganz Deutschland die Synagogen brannten, wurde auch die Cottbuser Synagoge ein Raub der Flammen. Es heißt, die herbeigerufene Feuerwehr habe die Synagoge nicht gelöscht, sondern nur das Übergreifen des Feuers auf benachbarte Häuser verhindert. Der 14-jährige Heinz Petzold wurde Zeuge des Geschehens: „In der Nacht vom 9. auf den 10. November weckte mich mein Vater, es muss um Mitternacht gewesen sein, holte mich zum Fenster und zeigte in Richtung Norden der Stadt, wo man deutlich einen lodernden Brand sehen konnte. Beim genaueren Hinsehen erkannte ich die Kuppel der Cottbuser Synagoge, die wie glühende Masse aussah. (…) In der Schule gab uns unser Klassenlehrer, der SS-Mann war, mit der Bemerkung ,damit ihr seht, was die Juden verdienen´ eine Stunde frei. Wir gingen zur Synagoge (…) die Feuerwehr war zwar vor Ort, löschte jedoch das noch schwelende Feuer im Inneren der Synagoge nicht.“ Heute erinnert am früheren Standort eine Gedenktafel an die zerstörte Synagoge.
Quelle: stadtmuseum-cottbus.de
In den Trümmern der abgebrannten Synagoge wurde bei den Aufräumarbeiten der Chanukka-Leuchter entdeckt. Ein Sozialdemokrat, der sich an den Arbeiten beteiligte, soll ihn über einen Zaun auf das Grundstück eines Cottbuser Malermeisters geworfen haben. Dieser versteckte den Leuchter in einem Fass Pulverfarbe und übergab ihn 1947 dem Cottbuser Stadtmuseum.