Práce hasičů bohužel vyšla vniveč. Německé okupační orgány ve spojení s městskými orgány rozhodly o odstranění jak synagogy, tak i požárem zcela nedotčeného rabínského domu.
Symboly sebevědomé židovské komunity v Olomouci měly navždy zmizet z veřejného prostoru a židovská obec dostala příkaz odstranit je. V tu dobu ještě mnozí nevěřili, že podobně jako synagoga budou z města odstraněni i jeho židovští obyvatelé.
Demolice synagogy začala v v prvních dnech listopadu 1939 demontáží kupole, poté byla otlučena omítka a rozebrány zdi.
Archiv Židovské obce v Olomouci, foto Jan Voleník, listopad-prosinec 1939.
Znáte nějaké jiné budovy v Olomouci, které byly zbořeny, i když to vůbec nebylo nutné?