Po vzniku Protektorátu Čechy a Morava chovanců sirotčince přibývalo, mnohé neúplné židovské rodiny, zejména uprchlíci z Německa a pohraničí, nebyly schopny zajistit své potomky.
Někteří chovanci přišli do pražského sirotčince proto, že v Praze byla židovská škola, kterou ještě mohly děti vyloučené ze všech českých škol navštěvovat. Asi nejslavnější produkcí sirotků z Belgické byla dětská opera Brundibár, kterou později hráli i v Terezíně. Nastudována byla na Hagiboru, premiéra byla v Belgické.
Na podzim 1941 začaly sirotky, učitele i další zaměstnance sirotčince odvážet na smrt deportační transporty. Kateřině Steinové, autorce knihy Osudy jednoho židovského sirotčince, se podařilo identifikovat pouze 63 někdejších chovanců, kteří se dožili osvobození. Deportováno jich bylo 429.