Po vzniku protektorátu Čechy a Morava a vyloučení všech Židů a osob za Židy označených ze společnosti se areál Hagiboru stal jedním z posledních míst, kde se židovské děti z Prahy mohly scházet ke společným aktivitám. Kromě Hagiboru jim byly z veřejné zeleně přístupny pouze židovské hřbitovy.
Mnoho dětí vyloučených z pražských škol trávilo na Hagiboru celý den. Bylo potřeba vytvořit jim program: toho se ujal Fredy Hirsch, uprchlík z Německa, sionista a zaměstnanec pražské Židovské obce pověřený organizací sportovních aktivit pro mládež. Vypracoval hodinový rozvrh využívání areálu a společně s dalšími připravoval sportovní a kulturní programy. Na Hagiboru se kreslilo, učila se hebrejština a zpívalo se o Palestině, byla zorganizována i ilegální školní výuka. Na Hagiboru měla premiéru i slavná opera Brundibár.
Vše skončilo na podzim 1941, kdy začaly hromadné deportace Židů z Prahy. Fredy Hirsch byl deportován do Terezína na začátku prosince, zbytek instruktorů z Hagiboru pak v roce 1942. Do konce roku 1942 bylo z Prahy 38 transporty deportováno 36 825 osob včetně dětí a mladistvých.