Nemecká okupácia z 19. marca 1944 tiež viedla k radikálnym zmenám v situácii Židov v Baji. Už v deň okupácie sa uskutočňovali razie v hlavnom meste a po celej krajine. Menovaná Sztójayova vláda vydala sériu obmedzujúcich dekrétov, podľa ktorých bolo povinné nosenie žltej hviezdy. Židom bolo nariadené, aby vyhlásili svoj majetok a zatvorili svoje obchody na finančnom riaditeľstve zodpovednom za miesto ich bydliska. Okupujúci Nemci nariadili Židovskej rade zloženej z najprestížnejších členov miestnej židovskej komunity, aby zostavila zoznam mien a adries všetkých Židov.
V kanceláriách starostu sa začalo označenie hranice geta a umiestnenie koncentračného tábora. Miestni policajti a žandári určený deň búchajúli na dverách bytu. Podľa tohto dekrétu mali Židia určité množstvo batožiny a dostatok jedla na dva týždne. Mestskí Židia boli potom nútení do get a vidiecki Židia do koncentračných táborov.