Az 1944. március 19-i német megszállás gyökeres változásokhoz vezetett a bajai zsidóság helyzetében is. Már a megszállás napján razziákat tartottak a fővárosban és országszerte. A kinevezett Sztójay-kormány korlátozó rendeletek sorát adta ki, kötelezővé tette a sárga csillag viselését. Elrendelték, hogy a zsidók a lakóhelyükön illetékes pénzügyi igazgatóságnál kötelesek bejelenteni vagyonukat, és bezárni üzleteiket. A megszálló németek a helyi zsidó közösség legtekintélyesebb tagjaiból felállított Zsidó Tanácsot kötelezték a valamennyi zsidó nevét és címét tartalmazó lista összeállítására.
A polgármesteri hivatalokban megkezdődött a gettó határainak, illetve a gyűjtőtábor helyének kijelölése. A kijelölt napon a helyi rendőrök kíséretében csendőrök dörömböltek a zsidók lakásainak ajtaján. A zsidók a rendelet értelmében személyenként meghatározott méretű poggyászt és kétheti élelmet vihettek magukkal. A zsidókat ezután a kijelölt városrészbe, a falvakból a családokat pedig a városszéli gyűjtőtáborokba kényszerítették.