První transport značený Cn vypravený 23. ledna 1943 zahrnoval obyvatele Kyjova, Uherského Ostrohu, Zlína, Napajedel, Veselí nad Moravou, Vizovic, Vracova, Jarošova, Zlechova, Holešova, Malenovic a Kunovic (1000 osob).
Druhý transport s označením Co 27. ledna 1943 čítal také 1000 osob, byli to obyvatelé obcí Strážnice, Podivín, Broumov, Hodonín a částečně Uherský Brod. Poslední transport Cp zahrnoval 838 lidí z Uherského Brodu a nejbližšího okolí. Po příjezdu do terezínského ghetta bylo několik lidí z těchto tří transportů vybráno do velkého transportu Cu (čítajícího kolem 1000 osob). Tito lidé se dostali do vyhlazovacího tábora v Auschwitz. Datum příjezdu transportu Cu 1. února 1943 je zároveň u řady deportovaných uváděn jako den úmrtí.
Každá skupina byla odvedena ozbrojenou Schutzpolizei z prostor reálného gymnázia na vlakové nádraží, kde na ně již čekal vlak směřující do Terezína. Po vypravení tří transportů zůstal ve městě pouze předseda Židovské náboženské obce Otto Steiner s několika úředníky, kteří prováděli do dubna roku 1944 majetkovou likvidaci obce. Nakonec i oni byli deportováni do terezínského ghetta.
Válku přežila jen hrstka z celkového počtu. Drtivá většina Židů zahynula v plynových komorách a koncentračních táborech. Velká část přeživších, která se po válce vrátila do Uherského Brodu, se po krátké době vystěhovala, zejména do Izraele, kde se uherskobrodská komunita pravidelně setkávala. Židovské hřbitovy
Starý židovský hřbitov se nacházel před dnešními zbytky hradeb v jižní části města (dnes má podobu parku). V roce 1941 byl zrušen a většina náhrobků byla převezena na nový židovský hřbitov, založený v roce 1870 východně od města. Jeho součástí je hřbitovní kaple, ve které jsou umístěny pamětní desky se jmény všech židovských občanů Uherského Brodu, kteří zahynuli v době 2. sv. války.