Pomocná synagoga vyrostla vedle Staré synagogy v roce 1875, v době, kdy Velká synagoga ještě neexistovala a počet věřících zdaleka převyšoval kapacitu Staré synagogy. Obě synagogy bývaly v patře spojeny unikátní pavlačí. Pomocná synagoga krátce sloužila i jako židovská škola. Dnešní stav místa je i připomínkou toho, co se s židovskými památkami dělo v době poválečné.
Po válce obě synagogy využívaly státní podniky, pravidelně se pokoušející o jejich vyvlastnění. Tak začala postupná devastace celého areálu. V roce 1997 se dokonce zřítila střecha Pomocné synagogy.
Až projekt Zahrady vzpomínek vedl k vyčištění areálu, obnově toho, co obnovit šlo, a navrácení důstojnosti místu tak významnému pro příběh historie židovské přítomnosti v Plzni.