Podobně jako další synagogy na našem území i ta plzeňská po zákazu bohoslužeb v roce 1941 sloužila jako sklad nábytku ukradeného deportovaným.
Fotografie z archivu Židovského muzea v Praze byly možná pořízeny až po osvobození, poté, co synagogu dobyla americká armáda. Její věže totiž německým okupantům sloužily jako strategické opevněné místo.