A magyar csendőrség a Birodalmi Biztonsági Főhivatal német deportálási szakértőivel együttműködve alig három hónap leforgása alatt mintegy 440 000 zsidót gyűjtött össze Magyarország minden részéről a főváros, Budapest kivételével. A zsidókat rövid időre gettókba zárták, majd a magyar határra szállították őket, ahol német őrizet alá kerültek. A németek a legtöbb magyar zsidót az auschwitz-birkenaui haláltáborba szállították. A gettó ügyeinek intézésére Kalmár Györgyöt jelölték ki, ő volt a csongrádi izraelita közösség utolsó állandó rabbija. A gettóból 237 csongrádi zsidót vagoníroztak be, és előbb Kecskemétre, majd Auschwitzba szállítottak, közülük kevesen tértek haza.
Az Auschwitzból hazatérő és a világháborút túlélő izraeliták megpróbálták újraépíteni a hitközséget, de az végül az egyre fogyatkozó zsidósággal együtt 1949 körül elhalt. A templomot a második világháború után már nem használták, az utolsó esküvőt 1947. május 8-án tartották. A város 1956-ban a mozi számára vásárolta meg 107 ezer forintért, majd 1960-ban a városi tanács a Petőfi Mezőgazdasági Termelőszövetkezetnek adta el 168 ezer forintért. A zsinagógát ezután magtárként, raktárnak használták, majd 1969-ben lebontották.