Im April 1944 begann Adolf Eichmann mit seinen Helfern die Ghettoisierung und Deportierung des ungarischen Judentums, wobei der ungarische Staatsapparat (Polizei, Staatsbeamten, Eisenbahner)- ungefähr 200 000 Menschen- aktiv mitgeholfen hat.
Die Deportierung aus Baja erfolgte in drei Etappen. Am 14. April betraf es 150 Personen, Ende Mai am Pfingstsonntag, am 28. Mai kam es zur sogenannten „großen Deportation“ von 640 Menschen. Die letzte Etappe erfolgte Ende Juni. Die Bajaer Juden wurden nach Gaensendorf, später nach Auschwitz gebracht, wo nur 19 Personen überlebten, die anderen wurden ermordet. Laut Fakten der Deportation wurde 1400 Opfern ein Denkmal gestellt. Nach der Deportation kehrten ungefähr 400 Personen zurück, die meisten verbrachten das Ende des Krieges in Arbeitslager in Österreich.