Německá okupace 19. března 1944 vedla k zásadním změnám situace židů ve městě Baja, stejně jako kdekoliv jinde. Hned prvního dne okupace byly proti nim vedeny útoky v Budapešti a po celé zemi. Nově nastolená Sztójayho vláda vydala sérii restriktivních opatření a zavedla pro židy povinnost nosit žlutou hvězdu. Nařídila, aby židé sepsali svůj majetek na patřičných finančních úřadech a ukončili své podnikání. Němci požadovali, aby židovské rady, složené z nejváženějších členů místních židovských komunit, sepsaly seznamy všech židů i s jejich adresami.
Starostenské úřady začaly vytyčovat gheta a přestupní tábory. Daného dne zabušila místní policie a četnictvo na dveře židovských domů. Podle příkazů bylo židům dovoleno zabalit si jen omezený objem zavazadel na osobu a potraviny na dva týdny. Potom byli nahnáni do vyhrazených částí města, zatímco rodiny z venkova byly soustředěny do přestupních táborů na předměstí.