Okupacja niemiecka trwająca od 19 marca 1944 r. zasadniczo zmieniła sytuację Żydów mieszkających zarówno w Baja, jak i wszędzie indziej. Już w dniu rozpoczęcia okupacji w Budapeszcie i całym kraju przeprowadzono łapanki. Nowo powołany rząd Sztójaya wprowadził szereg restrykcji i nałożył na Żydów obowiązek noszenia żółtej gwiazdy. Rząd zarządził, że Żydzi muszą zgłosić swój majątek do właściwego urzędu finansowego i zamknąć swoje przedsiębiorstwa.Niemcy zażądali od [1}Rad Żydowskich{2] zrzeszających najwybitniejszych członków lokalnych gmin żydowskich aby ci sporządzili listy wszystkich Żydów łącznie z ich adresami.
Burmistrzowie przystąpili do wyznaczania gett i obozów przejściowych. W danym dniu do drzwi żydowskich domów dobijała się miejscowa policja i żandarmeria.Zgodnie z dekretami Żydzi mieli prawo do zabrania ze sobą bagażu o określonej wielkości na osobę oraz żywności na dwa tygodnie. Następnie przymusowo przesiedlano ich do wyznaczonych części miasta, a rodziny z wiosek do obozów przejściowych na obrzeżach miasta.