A gettóházakból 1944. június 6-án a város külterületén fekvő, vasút melletti Szabó-téglagyárba vitték a zsidókat: csendőrök hajtották végig őket a városon. A Székesfehérváron kívül élő Fejér megyei zsidó embereket nyolc nagyobb településen gyűjtötték össze 1944. május 16. és május 20. között. Az emberek összegyűjtése tervszerűen, gyakran brutális módon történt.
A székesfehérvári zsidókat és a környező településekről összegyűjtött zsidókat, összesen közel 2800 férfit, nőt és gyereket, június 14-én a téglagyárból deportálták Auschwitz-Birkenauba.
A székesfehérvári zsidó hitközségnek 1946-ra 289 tagja maradt.